Giải Trình Tự Cả Bộ Gen để Xác định Nguồn Lây Nhiễm SARS-CoV-2 ...

Trong nghiên cứu này, nhóm nghiên cứu đã kết hợp dữ liệu dịch tễ học với WGS để hiểu sâu hơn về nguồn gốcvà phương thức lây truyền virus SARS-CoV-2 tại 03 bệnh viện ở miền nam củaHà Lan, đâylà những bệnh viện đầu tiên xác định cóbệnh nhân mắc COVID- 19 ở Hà Lan.Đây là nghiên cứu đầu tiên sử dụng WGS để phân tích khả năng lây truyền SARS-CoV-2 trongbệnh viện. Nhân viên y tế trong bệnh viện mắc COVID-19 có thể do nhiều bối cảnh khác nhau: bị lây nhiễm khi đi du lịch nước ngoài, bị lây nhiễm qua tiếp xúc với cộng đồng hoặc bịlây nhiễm qua bệnh viện.

Phân tích dữ liệu vềdịch tễ học kết hợp với sự hiện diện của các loại virus giống hệt nhau ở cả 03 bệnh viện trong lô nghiên cứu và các trường hợp không nhập viện ở các địa điểm khác nhau, cho thấy tại Hà Lan đã có sự lây truyền rộng rãi trong cộng đồng ngaytrong giai đoạn rất sớm của đợt bùng phát dịch COVID-19. Các cuộc tụ tập đông người, như cáclễ hội, trong đó có đến gần 2/3 nhân viên y tế có kết quả xét nghiệm dương tính với SARS-CoV-2 đãtham gia, có thể đóng vai trò như những sự kiện siêu lây lan tại nhữngđịa phương này.

Tại Hà Lan, theo nhóm nghiên cứu, nhân viên y tế có nhiều nguy cơ tiếp xúc với virus trong bệnh viện, nhưng cũng chính nhân viên y tế có thể là nguồn lây truyền khi chính họ đã đưa virus vào bệnh viện. Nhân viên y tế bị nhiễm SARS-CoV-2 có thể gây ra ảnh hưởng đáng kể, vì mầm bệnh được đưa vào các cơ sở nơicó nhiều người mắc bệnh đi kèm, từ đó có khả năng gây bệnh và tử vong cao. Công trình nghiên cứu nàykhông tìm thấy bằng chứng về sự lây truyền trongbệnh viện vớiquy mô lớn trong giai đoạn đầu của đợt bùng phát dịchở Hà Lan.

Từ trước đến nay, các vụ bùng phát dịchở các cơ sở y tế thường được điều tra bằng phương pháp chẩn đoán phân tử kết hợp với dữ liệu dịch tễ học. Tuy nhiên, việcsử dụng WGS để điều tra ổ dịch trongbệnh viện đã chỉ ra rằng các giả thuyết về đường lây truyền của virus có thể không chính xác nếu chỉ dựa trên những dữ liệu chẩn đoán phân tử và dịch tễ học. Nếu thêm dữ liệu WGS, nhất là khi kết quả được tạo ra một cách kịp thời và có đủ trình tự tham chiếu để phát hiện, phân tích trình tự gencó thể cung cấp thông tin cần thiết và cung cấp các biện pháp kiểm soát lây truyền tiếp theo. Tỷ lệ đột biến của SARS-CoV-2 được ước tính là khoảng 1.16 × 10-3 lần thay thế ở mỗi vị trí mỗi năm, tương ứng với một đột biến cứ sau mỗi 2 tuần. Do đó, việc tìm kiếm các trình tự gen giống nhau hoặc gần giống nhau và sẽ khó đưa ra được kết luận chắc chắn về việc lây truyền bệnh trực tiếp từ nhân viên y tế đến nhân viên y tế hoặc từ nhân viên y tế đến bệnh nhân nếu chỉ dựa trên dữ liệu trình tự gen trong giai đoạn khởi phát của dịch COVID-19, thời điểm mà sự đa dạng về di truyền học của virus là không đáng kể.

Với phân tích dữ liệu dựa vào WGS, nhóm nghiên cứu đã diễn giải nguồn gốc lây nhiễm trong bệnh viện một cách thận trọng hơn. Việc tìm thấy các chùm ca bệnh đa dạng về trình tự gen đã không loại trừ sự lây nhiễm chỉ từ một nguồn. Theo kết luận của nhóm nghiên cứu, sự đa dạng bộ gen được ghi nhận qua nghiên cứu phù hợp với các trường hợp mắc phải tại cộng đồng trước đó và một số sự khuếch đại tại chỗ có liên quan đến các sự kiện xã hội cụ thể trong cộng đồng, chứ không phải do lây lan rộng rãi trong bệnh viện.

Mặc dù không thể loại trừ việc lây truyền trực tiếp trong bệnh viện, nhưng dữ liệu nghiên cứu đã không ủng hộ giả thuyết lây truyền rộng rãi trong bệnh viện từ nguồn lây nhiễm ở bệnh nhân hoặc nhân viên y tế trong nghiên cứu này. Do kết quả giải trình tự cả bộ gen WGS mang tính thời gian thực, nên kết quả đã nhanh chóng chia sẻ cho các nhà quản lý ổ dịch tại Hà Lan. Dựa trên những dữ liệu của nghiên cứu này, các nhà chức trách đã kết luận COVID-19 đã lây lan trong dân cư ở tỉnh North Brabant, từ đó dẫn đến sự thay đổi chính sách về phòng chống dịch ở địa phương này, trong đó các biện pháp ngăn chặn được hoàn thiện bằng các biện pháp giữ khoảng cách vật lý có mục tiêu, bắt đầu ở phía nam của Hà Lan và sau đó lan ra cả nước.

(Tài liệu tham khảo: “COVID-19 in health-care workers in three hospitals in the south of the Netherlands: a cross-sectional study”, www.thelancet.com/infection, Published online July 2, 2020)

SỞ Y TẾ TP.HCM