Nghiên Cứu Phát Triển Và ứng Dụng Mã Vạch Di Truyền (DNA ...

Trong khi đó các nghiên cứu về phân loại, định danh loài hay các truy xuất nguồn gốc cá tra Việt Nam còn rất hạn chế. Vì vậy, nhóm nghiên cứu tại Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I do TS. Trần Thị Thúy Hà làm chủ nhiệm đã thực hiện đề tài: “Nghiên cứu phát triển và ứng dụng mã vạch di truyền (DNA barcoding) trên cá tra (Pangasianodon hypophthalmus)”.

Đề tài nhằm mục tiêu phân loại chính xác cá tra (P. hypophthalmus); Xác định được bộ chỉ thị phân tử nhằm kiểm định cá tra (P.hypophthalmus) có độ tin cậy >95%; và Xác định được bộ chỉ thị phân tử nhằm truy xuất nguồn gốc cá tra và các sản phẩm từ cá tra (P. hypophthalmus) có độ tin cậy >95%.

Một số kết quả nghiên cứu:

- Đối với nội dung 1:

+ Đề tài đã tiến hành thu và phân loại hình thái được 1300 mẫu, trong đó có 676 mẫu cá tra sản xuất và 471 mẫu cá tra tự nhiên. Tổng số mẫu cá da trơn khác trong họ Pangasiidae là 153 mẫu.

+ Kết quả phân loại hình thái cho thấy: thành phần loài cá trong họ cá tra Pangasiidae tại vùng ĐBSCL Việt Nam và Campuchia là khá phong phú, mỗi nước có 11 loài thuộc 4 giống, Pangasianodon, Pangasius, Pseudolais và Helicophagus. Riêng ở Bangladesh và Thái Lan, thành phần loài cá trong họ cá tra Pangasiidae phân bố rất ít, chỉ thu được 2 loài đối với mỗi nước.

+ Có thể nhận dạng có tra và một số loài cá da trơn khác trong họ Pangasiidae bằng chỉ tiêu hình thái đặc trưng. Cá tra P.hypophthalmus có đặc điểm nổi trội sau: vây mỡ nhỏ, thân trần không phủ vảy, chiều cao thân lớn hơn chiều dày thân, có cơ quan weber, bóng hơi 1 ngăn kéo dài hết xoang bụng. Lỗ mũi trước gần lỗ mũi sau hơn gần mắt. Bụng không có sống bụng.

- Đối với nội dung 2:

+ Đề tài đã xây dựng được quy trình phân tích đoạn COI và Cytb trên các mẫu cá Tra P. hypophthalmus. Từ đó, quy trình kiểm định các loài cá tra bằng sinh học phân tử, định danh loài và xác định khoảng cách di truyền của các đối tượng cá da trơn đã được thiết lập.

+ Kết quả kiểm định các sản phẩm chế biến từ cá tra cho thấy 2/8 sản phẩm nghiên cứu (25%) là ghi đúng nhãn mác, còn 6/8 sản phẩm (75%) đã bị ghi sai nhãn mác. Việc ghi sai nhãn mác này chiếm tỷ lệ rất lớn xảy ra trong cùng họ cá da trơn Pangasius. Hầu hết tên trên bao bì được niêm yết là cá basa (P. bocourti) nhưng kết quả phân tích đều là cá tra có tên khoa học là P. Hypophthalmus.

+ Phương pháp phân loại bằng sinh học phân tử đã khẳng định lại kết quả trùng hợp với phương pháp phân loại bằng hình thái học. Đã xác đinh được 7 loài cá thuộc 2 giống trong họ Pangasiidae đã được xác định, bao gồm các loài sau: Pangasianodon hypophthalmus, Pangasius larnaudii, Pangasius sanitwongsei, Pangasius conchophilus, Pangasius bocourti, Pangasius krempfi, Pangasius macronema.

+ Đề tài đã đánh giá được đa dạng di truyền các quần đàn cá tra nghiên cứu qua phân tích trình tự gen vùng COI và Cytb và đã đăng ký trên ngân hàng gen thế giới (Genbank) trình tự các đoạn gen ty thể (COI và Cyt b) của cá tra (P.hypophthalmus) và cá da trơn khác trong họ Pangasiidae.

- Đối với nội dung 3:

+ Đề tài đã xác định được 1.589 SNP (trong đó, 780 SNP xuất hiện trên tất cả các cá thể cá tra Việt Nam và 809 SNP xuất hiện trên tất cả các cá thể cá tra quốc tế). Sau khi phân tích, đã xác định được 12 SNP tiềm năng, có khả năng trở thành mã vạch phân tử của cá tra Việt Nam. Qua sàng lọc, 02 SNP đặc hiệu đã được xác định và SNP 5 (đột biến điểm 45: G>A của cá tra Việt Nam) và SNP 9 (đột biến điểm 66:T>G ở mẫu cá tra Việt Nam) có thể sử dụng như mã vạch phân tử trong truy xuất nguồn gốc cá tra Việt Nam.

+ Đối với SNP 5: Xác suất xuất hiện băng vạch đối với nhóm cá tra thu tại Việt Nam là 94,68% và nhóm cá tra thu tại Thái Lan, Băngladesh và Campuchia là 8,7%.

+ Đối với SNP 9: Xác suất xuất hiện băng vạch đối với nhóm cá Tra thu tại Việt Nam là 71,27% và nhóm cá tra thu tại Thái Lan, Băngladesh và Campuchia là 15,41%.

+ Đối với SNP 5 và SNP 9: Xác suất xuất hiện băng vạch đối với nhóm cá tra thu tại Việt Nam là 68,89% và nhóm cá Tra thu tại Thái Lan, Băngladesh và Campuchia là 26,35%.

Nhóm nghiên cứu đề xuất thu thập mẫu nhiều cá tra với các nguồn khác nhau và tiếp tục phát triển các SNP đặc hiệu trên cá tra để có đủ thông tin hình thành barcode cho cá tra Việt Nam. Từ đó có căn cứ chính xác hơn giúp truy xuất được nguồn gốc cá tra.

*Có thể tìm đọc toàn văn báo cáo kết quả nghiên cứu (Mã số 14904/2017) tại Cục Thông tin KH&CN quốc gia